本鎮清屬台東直隸州奉鄉，光緒24年，日人設璞石閣區，屬台東廳，27年改為璞石閣支廳，宣統元年，改隸為花蓮港廳，民國元年9月22日易名玉里支廳，民國9年改稱玉里庄隸屬玉里支廳，民國26年廢支廳設置玉里郡，民國27年2月11改稱玉里街隸屬玉里郡，民國35年1月25日改玉里街役場為今名。本鎮原有14里，於民國60年縣議會第6屆第2次大會通過本鎮提案增加東豐里。
本所原設於玉里鎮公所內，民國62年搬遷至玉里警察分局舊禮堂，民國75年3月17日遷至原玉里警察派出所，「民國92年2月26日搬遷至玉里鎮忠孝路149號新辦公廳」繼續為民服務至今。戶警合一時，主任由當時鎮長邱慶來先生兼任，黃正榮繼之。民國62年7月戶警合一正式實施後，戶政事務所主任由副分局長兼任，首位主任為谷蘭溪先生，依序為：查善、吳國梁、張治魯、宋兆揚，傅永昌、劉賢盛、李金園、高元光、林錦祥、譚國雄、何宗銘、張建俊、房運鎮、王建富。民國112年4月10日現職主任謝文有先生到所，全體同仁在其領導之下繼續為民服務。